przede wszystkim dowiedz się jaka różnica jest między kodem serwerowym, a tym po stronie klienta.
rysowanie, przesuwanie mapki, punkty, linie, samo "tło" mapy, itd - wszystko i tak będzie generowane w javascripcie. punkty natomiast przechowuj sobie jak chcesz, gdzie chcesz. ba, google nawet nie udostępnia wraz z mapami niczego do przechowywania takich danych jak lista punktów.
na "pustej" mapce google masz tylko małe logo i informacje o dostawcy samych map (w przypadku własnej mapy nie powinno to być widoczne)
logo jest białe, więc jest praktycznie niewidoczne w domyślnym zestawie kolorów mapki (jedynie na morzu je widać dobrze) - no ale ty chcesz mieć jakieś własne mapy, to już nie wiem w jakim kolorze. dodam też, że logo dałoby się ukryć, ale to będzie zapewne łamaniem licencji korzystania z ich skryptów i możliwe, że Cię za to zablokują z zaskoczenia, więc nie radzę ;)
edit: normalne mapki google można stylować:
http://demo.hongkiat.com/google-maps-styles/
a tu masz przykład własnej mapki opartej na google maps:
http://tamrielma.ps/skyrim/