Najwyraźniej nie rozumiesz, gdzie i w jakiej kolejności wykonywany jest kod JS i PHP. Nie ma takiej możliwości, by najpierw jakiś kod PHP wykonał się do połowy, następnie by wykonał się kod JS, a następnie dalej był kontynuowany ten kod PHP (druga połowa).
Przeglądarka wysyła na serwer żądanie. Na serwerze pracuje interpreter PHP. W miarę przetwarzania kodu PHP modyfikowana jest baza danych i generowany jest kod HTML, wewnątrz którego może być osadzony kod JS. Do tego generalnie służy PHP na stronach www: do przyjęcia żądania, zmodyfikowania stanu aplikacji (np. bazy danych) i wygenerowania kodu HTML odpowiedzi.
Skrypt PHP kończy pracę. Wynikiem jego pracy jest np. zmiana bazy danych oraz kod odpowiedzi, czyli zwykle jakiś kod HTML z ewentualnymi wstawkami JS. Odpowiedź jest wysyłana do przeglądarki. Przeglądarka dostaje odpowiedź i ją interpretuje: wyświetla dokument HTML (stosując do niego np. style CSS) i wykonuje umieszczony w dokumencie kod JavaScript. I tyle.
Nie ma żadnego powrotu do PHP. Najpierw działa kod PHP -- po stronie serwera -- a kod JS działa potem, w przeglądarce, po stronie klienta.
To, co masz w tym przykładowym kodzie, to zupełne masło maślane, głupoty nie mające żadnego sensu. Dodatkowo, używasz atrybutu language="script/javascript", który jest zabroniony we współczesnych wersjach HTML-a (powinieneś zamiast tego użyć type="text/javascript") oraz zupełnie niepotrzebnie używasz document.write, które ma swoje h4x0rskie zastosowanie, ale generalnie jest niezalecane bo przez sam fakt jego istnienia strona ładuje się wolniej.
Podstawowym problemem tego kodu jest jednak to, że po prostu nie ma sensu ;-).
Kod JavaScript może się komunikować z serwerem, tj. z kodem PHP, ale to np. za pomocą Ajaxa (obiektu XMLHttpRequest), co skutkuje wysłaniem zupełnie oddzielnych żądań. Nic nie wskazuje, żebyś używał tutaj czegoś takiego i dlatego ten kod wygląda zupełnie bez sensu. I działa tak, jak napisał @Demonical Monk.