Prawdopodobnie Allocation unit size jest ustawiona na 1024 kb czy to powoduje że każdy plik jest x razy większy na dysku?
Nie "x razy większy" tylko wyrównany do najbliższego megabajta. Plik 1 bajtowy i 1023 kilobajtowy zajmie dokładnie tyle samo.
Czy warto zmiejszyć tą wartość do np: 128kb?
Jak przechowujesz dużo małych plików to może warto ale spowoduje to większą ilość wpisów w tabeli FAT i większą fragmentację plików a w rezultacie szybsze zużycie karty pamięci i gorszy performance. Ten system plików został zaprojektowany dla kart pamięci / pendrive'ów, dlaczego go używasz na dysku SSD? Sformatuj to normalnie jako NTFS, dużo zyskasz, małe pliki są tam przechowywane w MFT niezależnie od wielkości clustera. Jedyny minus to że będziesz musiał odpinać urządzenie w systemie za każdym razem przed fizycznym odpięciem, choć w Win11 podobno to "poprawili" i zewnętrzne dyski w NTFS mają domyślnie wyłączone buforowanie, więc można je teraz odpinać jak pendrive'a