To ja bym na ten moment poszedł w Web Jobs. W twoim przypadku Web Jobs będą darmowe bo są uruchamiane w ramach instancji App Service, a dokładniej jej planu cenowego. Przy Azure Functions trzeba by liczyć że każda operacja to jedno uruchomienie funkcji, a przy tej ilości operacji to szybko przekroczy się darmowy limit 1 000 000 uruchomień na miesiąc. Z dokumentacji:
The first 400,000 GB/s of execution and 1,000,000 executions are free.
Oczywiście można by jakoś kombinować żeby zejść z tej liczby wykonań funkcji, ale to nie o to chodzi, żeby na siłę wybierać usługę, która nie pasuje do przypadku użycia.
Minusem rozwiązania z Web Jobami jest to że gdy z jakiegoś powodu padnie App Service to pada nie tylko serwis www, ale też Web Job, więc trzeba to wziąć też pod uwagę. Jeżeli zależy ci na tym by pomimo awarii App Service z www ten job działał dalej to trzeba by go wynieść do osobnej instancji App Service i płacić za niego dodatkowo. Tutaj już trzeba by więc dobrze policzyć koszty, co by się bardziej opłacało czy nowy App Service czy Azure Functions.