Usuwanie rekordu który jest w bazie a nie ma go w pliku

Cześć piszę sobie i mam problem jak w tytule mam plik w nim dane np nr_id = 12345.

Wiem jak dane wstawić do mysql i jak je pobrać, czyli Insert INTO oraz SELECT no i wszystko ładnie :) nauka nie poszła w las. Teraz mam dylemat jak zrobić DELETE rekordów które nie występują w pliku z danymi.
np $id = nr_id

I teraz
1 Pierw SELECT

SELECT id FROM tabela WHERE id = '$id'

2 Potem DELETE

DELETE FROM tabela WHERE i tutaj co ma być bo jak zrobię != usuwa wszystko

tutaj napisałem same zapytania

Po pierwsze nie wiemy co robisz bo piszesz niezrozumiale. Jeżeli w pliku masz np. takie id:
1,2,3,4,5,6

a w bazie masz
1,2,3,4,5,6,7,8,9

to jak napiszesz

DELETE FROM tabela WHERE id != 1

to usunie wszystko poza numerem 1, a jak chcesz usunąć tylko 7,8 i 9 to napisz:

DELETE FROM tabela WHERE id NOT IN(1,2,3,4,5,6)

Pewnie zaraz zadasz pytanie jak to zrobić to podpowiem że dodajesz wszystko do tablicy i robisz potem implode("," , $twoja_tablica)