1) Nie musisz być na VAT, żeby podpisać umowę. Wystarczy odrobina dobrej woli i np. dodanie zapisu, że w chwili zawierania umowy nie jesteś VAT'owcem, ale to się zmieni, na razie dostajesz X zł miesięcznie, co jest kwotą bez VAT (czyli realnie do zapłaty), a jak rejestracja się zakończy, to ustalacie kwotę na Y zł netto + 23% VAT.
**2) ** W temacie oczekiwania na rejestrację VAT - to może się trochę ciągnąć - https://okiemprzedsiebiorcy.pl/ile-trwa-rejestracja-vat-2018/. Od pewnego czasu kandydaci na VAT są prześwietlani, bywają kontrole zgłaszanych siedzib, trochę to trwa.
3) Jeśli mówimy o zmianie stanowiska, to właściwie fakt tego, że byłeś wcześniej u nich zatrudniony nie ma żadnego znaczenia. Tak samo zresztą, jak fakt 3 miesięcy przerwy ;) W sensie, że zmiana stanowiska/inny charakter wykonywanych zadań pozwala na preferencyjne rozliczanie, z drugiej strony 3 miesiące to jest za mało, żeby uznać tamtą współpracę za niebyłą - przy założeniu, że miałbyś robić to samo.
4) Rzuć okiem tutaj - https://4programmers.net/Forum/1482759
5) Sama rejestracja działalności jest robiona praktycznie "od ręki". Dobra rada - jeśli chcesz korzystać z preferencyjnego ZUS, to nie rozpoczynaj działalności pierwszego, ale drugiego dnia miesiąca. Dzięki temu dostaniesz miesiąc więcej obniżonych składek.