Programu 16-bit nie uruchomisz pod Windowsem x64 jakkolwiek byś nie próbował (tzn. najdroższe wersje mają chyba 'przeźroczysty' dla użytkownika emulator, ale chyba nie kupisz po to nowej wersji windowsa ;) )
Polecam DosBOX (http://www.dosbox.com/) - jeśli Ci zależy na plikach com (faktycznie, ich budowa jest prosta jak konstrukcja cepy cepa i do nauki są jak znalazł, ale rzeczywistość jest okrutna - ten 'format' to prehistoria.
Kursu Gynvaela o asemblerze co prawda nie oglądałem, ale Gynvael mądrze prawi więc kurs nie może być zły.
Jeśli nie chcesz korzystać z jego kursu i dalej szukasz dobrego asemblera: polecam Nasm-a, jest po prostu (dla mnie) najwygodniejszy i ma duże możliwości.
Disasembler - w zestawie nasma jest ndisasm ale on się tylko do plików com nadaje. Najlepiej zainstaluj od razu IDĘ free, to prawdopodobnie najlepszy istniejący disassembler