Usuwając projekt, w konsoli wyświetla się:

Updating property file: (tutaj ścieżka do build\built-clean.properties)
Deleting directory (tutaj ścieżka do build)

Niestety, chwilę później pojawia się alert "Cannot delete file build.xml in (tutaj ścieżka)".

Okazuje się, że cały projekt wraz z zawartością został zachowany i muszę go kasować ręcznie.
Szukałem w google, polecano update NetBeans, niestety nadal bez zmian.