Głowice nic nie wiedzą o partycjach ani plikach. To OS oblicza adres każdego kawałka pliku i podaje do napędu gotowe współrzędne.
A co do głównego pytania: na HDD duże znaczenie ma fragmentacja. Problem fragmentacji jest tym większy im mniej jest wolnego miejsca na danej partycji. Tak więc teoretycznie zwiększanie liczby partycji potencjalnie zwiększa zagrożenie silną fragmentacją, a co za tym idzie spadkiem wydajności.
Jest sporo czynników które wpływają na fragmentację. Najważniejszy, oprócz ilości wolnego miejsca i tego jak często pliki są defragmentowane, to ilość danych które wrzucasz i wyrzucasz z dysku. Jeśli "przerób" jest spory, to i fragmentacja będzie raczej większa. Ale możesz przecież odpalić defragmentację i sobie tak z tym poradzić.
Ja mam mało partycji, jedna na Linuksa, jedna na Windowsa, jedna na pliki (dokładnie to /home na oddzielnej partycji). Oddzielna partycja na system przydaje się przy wgrywaniu systemu ponownie, gdyż nie trzeba kombinować jak zachować stare pliki czy też jak wyczyścić wszystkie systemowe jak by to było w przypadku gdyby była jedna partycja na wszystko.