Znam kilka flag, które sprawiają że okno jest zawsze na wierzchu(np. Qt::ToolTip, Qt::WindowStaysOnTopHint, Qt::Popup), ale przy każdym sposobie jest ten sam problem.
Klikając w menu start, obszar tray, puste pole między programami a trayem - okno i tak się ukrywa.
Wszystko jest w porządku gdy przełączam się między różnymi aplikacjami i klikam wszędzie prócz wymienionych wyżej miejsc.
Tak samo działają inne aplikacje które kiedyś używałem, więc być może jest to taka nieproszona funkcja Windowsa.
Kodu nie ma sensu podawać, bo przy tym NIE MA gdzie zrobić błędu, a zresztą flagi działają jak należy nie licząc tego "niewielkiego" problemu.