Czy dobrze rozumiem, że jest to jednowymiarowa tablica z kolejnymi pomiarami w stałych odstępach czasu lub w stałych odległościach w poziomie, a -1 to brak pomiaru?
Najprostszy pomysł, to wziąć istniejące wartości najbliższe szukanym danym i na podstawie danych skrajnych i odległości od szukanej proporcjonalnie obliczysz wartość.
Dla (3, -1, -1, -1, 4) będzie (3, 3.25, 3.5, 3.75, 4), dla (4, -1, 8) będzie (4, 6, 8).
Nie pamiętam wzoru, ale posługując się arkuszem kalkulacyjnym łatwo go wyprowadzisz.
Oczywiście musisz zdecydować, czy taka interpolacja jest dopuszczalna w Twoich potrzebach.
Jeżeli w danych źródłowych wokół każdego ciągu niezmierzonych wartości z obu stron są dwie zmierzone, np (2, 4, -1, 8, 4), to można spróbować znaleźć funkcję wielomianową ax3+bx2+cx+d=0, gdzie a, b, c, d będą tak dobrane, że krzywa przechodzi przez skrajne 4 punkty. Wzory, jak taką funkcję wyznaczyć znajdziesz w Internecie.
Generalnie jest to interpolacja wielomianowa, może taka wystarczy zamiast bardziej wyrafinowanych algorytmów.
https://pl.wikipedia.org/wiki/Interpolacja_wielomianowa