Nie wiem o jakich problemach z href="" piszesz, nie spotkałem się chyba z niczym takiem.
Tworzenie stron uniwersalnych to tworzenie stron pod przeglądarki zgodne ze standardami w większym stopniu (Firefox/Seamonkey, Opera) oraz zwykle dostosowywanie do Internet Exploerera 6. Oczywiście mówię tutaj o tworzeniu layoutów z użyciem CSS, opartego na Divach i tak dalej - przy tabelkach nie jest tak źle.
Trzeba wiedzieć o słabościach poszczególnych przeglądarek, o ich dziwactwach zwłaszcza (kto by pomyślał że puste linie w kodzie mogą spowodować głupie efekty pod IE?), trzeba wiedzieć jak stosować komentarze warunkowe (dla IE), ewentualnie hacki CSS (nie polecane) by omijać słabości. I trzeba testować, testować, testować.
Ale nawet piękny, pohaczony kod CSS może być dla przeglądarki niestrawny, choć teoretycznie powinien działać. Nie wolno zapominać o jakości kodu XHTML - kod z błędami, z niepoprawnym Doctype, wysyłany ze złym typem MIME może spowodować bardzo dziwne zachowania się, zwłaszcza IE. Kto z was wie, że prolog XML przed Doctype przełącza IE w tryb Quirks Mode, a co za tym idzie cały box-model w CSS jest rozwalony i pozycjonowanie upada?
JavaScript dzięki standardowi ECMA oraz modelowi W3C DOM robi się w miarę podobny w przeglądarkach - od kiedy nie ma już document.all i document.layers na rzecz document.getElementById jest o niebo łatwiej. Ale nadal jedne przeglądarki wspierają coś, a inne nie (choćby XMLHttpRequest, podstawa Ajaksa - IE wspiera inaczej, Gecko inaczej, Opera nie wspierała do niedawna nawet).
Wielkim ułatwieniem dla twórców stron będzie Internet Explorer 7. Nie żartuję. Naprawdę, sporo rzeczy poprawiono, jest o wiele lepiej niż było. Szóstka zmuszała do karkołomnych wyczynów by nadać elementowi postion: fixed - w IE7 będzie to normalne, tak jak w innych przeglądarkach. Ale zanim się upowszechni to będziemy pracować jak dotychczas - tworzymy piękny kod XHTML, tworzymy CSS i CSS dostosowywujemy pod przeglądarki (ale bez user-agent sniffing!), a ludzie od JS się bawią, by ich efekty zadziałały jak potrzeba wszędzie. Szkoda tylko, że dostosowywanie stron do przeglądarek jest tak praco- i czasochłonne.