Otóż napisałem własnego frameworka do php. Każde wywołanie przechodzi przez index.php który pobiera sobie $_GET['q'] który to zawiera cały "adres". Podobnie jest w drupalu. Aby były ładne linki zrobiłem sobie przekierowanie w htaccess
RewriteEngine on
RewriteRule ^(([a-z0-9_/\-])*)$ index.php?q=$1 [L,QSA]
Takie przekierowanie pozwala bez problemu na funkcjonowanie witryny bo i adres do podstron przekierowywany był do q, natomiast dzięki pominięciu "." w pożądanych znakach wszystkie pliki jak chociażby grafika były właściwie wysyłane do przeglądarki. Problem zaczął się pojawiać gdy chciałem mieć inny skrypt korzystający z podobnego mechanizmu lub też ten sam skrypt tylko w podfolderze. Niestety takie przekierowanie jak moje łapie wszystko i dostaje ładny error 404 ukazany przez stronę siedząca w głównym folderze. Niestety nie udało mi się dojść na jakiej zasadzie działa to w drupalu a tam mogłem wrzucić mój skrypt do podfolderu i działał. Wygląda to tak jakby za pomocą htaccess dało się wykryć czy link przynajmniej w początkowej części nie kieruje bezpośrednio do folderu. Czy znacie na to jakiś sposób?