Wygląda na to, że strona błędnie wykorzystuje bibliotekę SWFObject, w dodatku chyba jakąś starą jej wersję. Użyta tam jest metoda .write, której ja jakoś nie kojarzę i której nie ma w obecnej dokumentacji biblioteki, ani nawet w kodzie bieżącej wersji. No nie wiem, chyba że to jest zupełnie inna biblioteka niż ta, o której myślę.
W każdym razie podejrzewam, że źle jest wykorzystana metoda write('id_elementu'). Podejrzewam ("podejrzewam" dlatego, że nie mam danych na temat użytej wersji biblioteki), że funkcja ta wstawia do elementu #id_elementu obiekt z filmem Flasha, a przy okazji wywala z tego elementu wszystko to, co było tam dotychczas. Nawiasem mówiąc, w elemencie #id_elementu powinna się znajdować tylko zawartość alternatywna dla filmu Flasha, np. tekst "Nie można wyświetlić zawartości Flash", czy coś takiego (to, co tam będzie, zostanie wyświetlone wtedy i tylko wtedy, gdy biblioteka SWFObject nie da rady osadzić w dokumencie filmu Flasha).
Na stronie, do której linkujesz, funkcji write podane zostało id elementu #container. A element #container to... element zawierający całą stronę, łącznie z menu, logo i całą resztą. Biblioteka SWFObject przy wywołaniu metody write podmienia zawartość elementu #container, czyli wywala z niego wszystko to, co tam było (menu, logo itd.) i wstawia tam film Flasha.
Aby to naprawić, należy stworzyć nowy, osobny element o nowym ID i wstawić go gdzieś do dokumentu. Ale w środku element ten powinien być pusty lub zawierać jakąś zawartość alternatywną, o której wspomniałem wcześniej. Trzeba jeszcze zmienić odpowiednio wywołanie write -- należy mu przekazać id tego nowego elementu, w którym będzie umieszczony film Flasha.