kompresja/kompilacja plików fasta do jednego

0

Po pierwsze chciałabym powitać wszystkich!

Właśnie rozpoczynam przygodę z językami programowania, których będę używać w świecie bioinformatyki (gentyka/analiza sekwencji itd.). Po poniższym pytaniu od razu poznacie, że jestem zielona Mrugnięcie

Potrzebuje skompresować / skompilować kilka plików w formacie fasta do jednego (finalnie również w tym samym formacie). Z tego co czytałam najlepiej wykonać to w Pythonie.

Znalazłam na forach bioinformatycznych wskazówki z treściami komend typu:

cat /your/path/to/folder/*.fasta > newname.fasta

https://www.researchgate.net/post/How_do_I_merge_several_multisequence-fasta_files_to_create_one_tree_for_subsequent_Unifrac_analysis

lub

cd d:\data
cat *.fasta.txt > d:\combined.fasta

https://www.biostars.org/p/127239/

Niestety po zastosowaniu, którejkolwiek z nich (być może popełniam jakiś totalnie szczeniacki błąd) otrzymuje informację zwrotną: "invalid syntax" - czyli jak zdążyłam się dowiedzieć - Python mnie nie rozumie Mrugnięcie

Co mogę zrobić, może znacie jakieś inne sposoby? Z góry dziękuję za wskazówki!

0

Mój system to Windows 10, włączyłam już wiersz poleceń i szukam odpowiednika linuxowego "cat" dla Windowsa. Wszystkie pliki mam zlokalizowane na dysku lokalnym C, próbowałam z umieszczaniem ścieżki do folderu, w którym znajdują się pliki do scalenia (C:\Users\pogod\Desktop\fasta\I cz) ale bez rezultatu

0

Internety mówią, że TYPE *.fasta.txt > d:\combined.fasta powinno działać.

1

C:
cd C:\Users\pogod\Desktop\fasta\I cz
type *.fasta > ..\combined.fasta

1 użytkowników online, w tym zalogowanych: 0, gości: 1