Jeśli robisz to hobbystycznie, to rób tak dalej, tzn. to nadal działa. Aczkolwiek w takim podejściu masz o wiele większe szanse, na to, że z Twojego kodu wyjdzie spaghetti. Obecnie wszystko w poważnych firmach robi się na frameworkach, przestrzega się wielu zasad (np. solid, kiss, dry), stosuje psr'y i wiele wiele innych rzeczy.
Sądząc po Twojej wypowiedzi masz małe pojęcie o tworzeniu aplikacji w php, więc jeśli robisz to tylko sobie, ewentualnie może to jest jakaś prosta strona wizytówka - to spoko. Ale żeby zrobić to dobrze i żeby np kiedyś inny programista mógł przy tym pracować, trzeba wdrożyć o wiele więcej rzeczy niż tylko includy np. (aczkolwiek to nie wszystko bo i temat nie jest prosty):
- pełne przejście na OOP
- korzystanie z frameworka (a tu wchodzi min. composer, psr'y itp itd)
- system szablonów lub separacja frontendu i backendu via API (np backend w php, front w angularze)
- bezpieczenstwo danych (a nie jakies wy..ójki gdzie na żywca pisze sie zapytania sql bez prepared statements)
Prosisz o przykłady:
no to polecam poczytać dokumentację chociażby laravela lub symfony.