trzeba mieć pierwsze prawa modyfikować uprawnienia określonego pliku ;) inaczej byłoby tak, że nie mając praw do pliku po prostu byś je sobie nadał i bam, zabezpieczenia złamane. jak już utworzysz plik w php, bo masz do tego prawa - wtedy możesz mu zmieniać uprawnienia na inne. jeżeli od początku nie było uprawnień, to i chmod z poziomu php nie pomoże.
ogólnie jeżeli potrzebujesz zmieniać uprawnienia plików z poziomu php = prawdopodobnie skopana konfiguracja serwera = kupiłeś jakiś biedahosting i najlepiej go zmień (a jak to Twój własny serwer to poczytaj o konfiguracji grup)
serwer powinien chodzić tak, żeby apache/php miał te same uprawnienia co user shellowy/user ftp, czyli wrzucając coś przez ftp/scp masz dostęp do tego z php i odwrotnie - tworząc plik przez php jesteś w stanie go skasować przez ftp/scp