To wygląda na to, że możesz użyć Ajaxa, skoro chcesz wczytać plik w tej samej domenie.
Nie dodawaj do dokumentu HTML tego elementy script z marked_data_01.php. Kod, który ma się wykonać po wczytaniu markerów (czyli kod inicjalizujący mapę/markery) zamknij sobie w jakiejś funkcji np. init_markers(). Dołącz plik z tą funkcją do dokumentu, ale nie odpalaj jej jeszcze. Zamiast tego wykorzystaj Ajaxa -- obiekt XMLHttpRequest (w skrócie: XHR) -- by wykonać żądanie POST do marker_data_01.php. Sam wybór metody POST jest w Ajaxie bardzo prosty -- wystarczy przekazać odpowiedni parametr funkcji open w obiekcie XHR. Poczytaj specyfikację XHR lub jakiś tutorial do Ajaxa. Żądanie ajaxowe jest wykonywane asynchronicznie (nie warto korzystać z synchronicznego trybu). Działa to tak, że obiekt XHR po nadejściu odpowiedzi wykonuje po prostu funkcję podstawioną do jego własności onreadystatechange. To również znajdziesz w tutorialu.
Ważne jest, że po nadejściu odpowiedzi obiekt XHR ma w polu reponseText całą treść odpowiedzi, jaką zwrócił serwer. W Twoim przypadku będzie to kod JavaScript będący zawartością pliku marker_data_01.php. Ten kod możesz odpalić za pomocą dostępnej w JavaScripcie funkcji eval(). Nie jest to zbyt eleganckie rozwiązanie, ale w tym wypadku można je zastosować. W tym momencie masz już "załadowaną bazę" i możesz ją wyświetlić, czyli możesz wywołać funkcję init_markers(), którą sobie wcześniej przygotowałeś.
Dodam, że to rozwiązanie wcale nie zapewnia wielkiego bezpieczeństwa. Tak naprawdę nie zapewnia żadnego bezpieczeństwa; wykonywanie żądań POST to żaden problem. Choć jeśli uważasz, że odstraszy to wielu script-kiddies, to możesz to zrobić właśnie tak, jak opisałem.