Skoro piszesz tego service'a, to masz możliwość ingerencji w jego nazwę (zakładam, że używasz funkcji CreateService), tak więc jaki problem, żeby twój instalator uruchomił twój program np. ze stosownym parametrem (np. /serviceinstall <nazwa service'a>), gdzie <nazwa service'a> byłaby wcześniej podawana przez usera w oknie instalatora, a twój program przekazaną mu nazwę service'a podstawiałby do funkcji CreateService.
Zresztą np. w instalatorze InnoSetup instalację usługi można zrobić bez uruchamiania dodatkowego programu, wystarczy skorzystać z dobrodziejstwa sekcji [ Code] w skrypcie.