Zakładam, że w takim systemie jest baza SQL.
Niekoniecznie - może być noSQL, XML, czy nawet pliki płaskie. Jak (w czym) przechowywane są dane to drugorzędne zagadnienie, ważne, żeby dało się tam dane zapisać i potem odczytać.
Czy jest jakaś specjalna forma organizacji danych w bazie by zachować strukturalność danych?
Nie ponieważ mocno zależy to od samych danych jakie chcesz przechowywać. Chociaż można próbować utworzyć uniwersalną strukturę to organizacja poszczególnych firm/zakładów jest na tyle różna, że może to być niemożliwe.
Jakie struktury danych, wzorce projektowe byłyby najwłaściwsze do realizacji takiego systemu?
Wszystkie?, żadne? niektóre? jak napiszesz tak będziesz miał
Czy prezentacja danych zebranych w bazie z poziomu aplikacji MVC to sensowny wybór czy może coś innego warto wziąć pod uwagę?
nie rozumiem pytania.