Zrobiłem prosty programik generujący plik bat który odpala tego całego yui compressora (jakiś debil to w javie napisał przez co muli w 3 d**y).
http://www.speedyshare.com/files/29690556/minimizer.rar
na własne potrzeby robimy tak:
kopiujemy ze swojego htmla odwołania do plików js i wklejamy w pliku filelist.txt (program wyszukuje w każdej linijce frazę src="%s" (niestety patrzy na wielkosc znakow), jesli da sie znalezc takiego stringa w danej linii to pomija jesli sie da to wyciaga nazwe pliku i skleja w odpowiedniej formie - dalej wyjasnienie).
w pliku minimizer.bat zmieniamy parametry:
filelist.exe A [B]
A - nazwa pliku wyjsciowego
B - [opcjonalny] prefix dodawany do kazdej nazwy pliku. u mnie plik index.php znajduje sie w lokalizacji nizej, zatem wpisalem "../"
koniec
--- EDIT ---
w opcjach YUI ustawiłem tylko minimalizację (usuwanie spacji itd), ale można dodać coś innego na własne potrzeby