jeśli chcesz to robić na plikach tekstowych to usunięcie będzie się wiązało z przepisaniem całego pliku od miejsca skasowania a i nie jest to takie banalne, jeśli danych nie będzie zbyt dużo (a przynajmniej mniej niż dopuszczalna ilość MB wykorzystywanych przez skrypt - domyślnie 8 MB, często ustawiane na darmowych serwerach na 2 MB) to możesz cały plik wczytać do tablicy (funkcja file), potem operujesz jak chcesz banalnymi funkcjami obsługi tablic z php (rozdział tablice), potem zapisujesz wszystko po modyfikacjach prostą pętlą foreach lub jeszcze prościej w php 5 przez wykorzystanie funkcji file_put_contents oraz implode - jednak to pożera dodatkowe porcje zasobów
pamiętaj że zapisując dane oddzielone jakimś znakiem - w danych ten znak nie może już wystąpić, dlatego proponuję znak do rozdzielania danych ustawić jako dwa cudzysłowy, a dane traktować funkcjami odpowiednio addslashes oraz stripslashes
mimo wszystko może skusisz się na jakąś bazę danych inną niż tekstową