+1, nie dotykać.
Chyba że w grę wchodzi edycja plików źródłowych np. less, do pobrania na getbootstrap obok cssowego buildu, wtedy możesz skompilować już spersonalizowanego css pod swój projekt, co też polecam. Wtedy widać prawdziwe piękno BS :) wszystkie zmienne z których korzysta cały css BS są w jednym pliku variables.less (albo variable.less - nie pamiętam ;pp) i do jego edycji sprowadza się ot cała personalizacja.
@zniesmaczony, jeśli chcesz zeminić kolor dla wszystkich ele. o charakterze info (.*-info) to w pliku otwartym ze zmiennymi variables wystarczyło by zmienić wartość dla zmiennej @brand-info, jeśli chcesz sam .btn-info to radzę w oddzielnym css.