Przechowywanie ustawień

Witam,
finalizuję pisanie małego programu, który będzie miał w sobie kilka opcji do zmian. Przechowuje je w pliku .ini na zewnątrz pliku .jar.
Planuję wydawać do niego aktualizacje o których użytkownik zostanie powiadomiony i zachęcony do pobrania. Po zgodzie na pobranie, przekieruję usera na stronę WWW z plikami.
I tutaj się zastanawiam: skoro pobierze całkiem nową paczkę z programem (i ją zainstaluje przez NSIS), to wszystkie pliki ustawień nie zostaną nadpisane.
Może istnieje lepszy sposób na przechowywanie ustawień? Może w NSISie (lub jakimś innym instalatorze?) jest opcja, aby nie nadpisywać wybranych plików (ale to mijałoby się z celem, bo co jeżeli użytkownik chciałby zainstalować jeszcze raz, gdyby coś popsuł)?
Liczę na rady.

Pozdrawiam :)

Nie przechowuj ustawień razem z programem , bo na dysku c ci nie nadpisze ich program w win7 jeżeli nie uruchomisz apki jako admin. zapisuj w rejestrze lub w specjalnym folderze użytkownika, który jest przeznaczony do takich celów i tam apki przechowują swoje ustawienia. Są to najczęściej moje dokumenty lub bodaj app data (win7). nie dodawaj pliku ini razem z instalką, wewnątrz apki mniej domyślne ustawienia, jeżeli użytkownik zmieni ustawienia to wtedy zostanie stworzony odpowiedni plik z konfigiem.