Część aplikacji zamula, bo ma skopany design, a żadna platforma magicznie nie przyspieszy skopanego kodu.
Przede wszystkim, jeśli chodzi o porównanie Javowych IDE do np DevC++ czy Visual Studio, to Javowe IDE z reguły nie stosują prekompilacji kodu czy pamięci podręcznej do podpowiadania, która byłaby zapisywana w projekcie. Te informacje są generowane zwykle każdorazowo przy ładowaniu projektu. Chociaż w sumie taki IntelliJ IDEA jakąś tam pamięć podręczną chyba ma.
Jak mam mały projekt Javowy w NetBeansie to jak go spakuję to zabiera bardzo mało miejsca - ułamek megabajta. Tymczasem gdy kiedyś kodziłem w C++ w Visual Studio to równie mały projekt po spakowaniu zajmował wiele (kilkanaście chyba) megabajtów - w środku były właśnie prekompilowane nagłówki, pamięć podręczna IntelliSense i inne tego typu śmieci. A więc to jest pewnego typu kompromis: czy zapychać dysk pamięciami podręcznymi jak w Visual Studio, czy też może parsować w kółko przy każdym ładowaniu projektu jak typowe Javowe IDE.
Jeśli chodzi o zamulanie samego Swinga to nie zaobserwowałem takich rzeczy. Swing jest bardzo mocno zoptymalizowany, korzysta z akceleracji sprzętowej (Java2D, która lata albo na OpenGL albo na DirectX). JavaFX jest jeszcze mocniej akcelerowana niż Swing, dodatkowo cała machineria JavyFX 2+ jest podzielona na wiele wątków, zamiast pojedynczego wątku Swinga.
Oprócz AWT, Swinga, JavyFX i Qt Jambi jest jeszcze np SWT, który chyba działa w sposób zbliżony do Qt Jambi, tzn w większym stopniu niż Swing polega na DLL-kach. Z testów które widziałem na necie to już w Javie 5 różnice wydajnościowe pomiędzy Swingiem a SWT były pomijalne, a Swing wygrywał jeśli chodzi np o zdalne interfejsy, tzn zabierał znacznie mniej pasma (przepustowości łącza).
Podmiana toolkitu do GUI prawdopodobnie nie wpłynie w sposób znaczący na wydajność aplikacji, no chyba, że masz skopany design, wtedy któryś tam toolkit może sprawować się lepiej.
Ja polecam JavęFX 2+, ma fajny system propertiesów, znacznie lepszy niż w Swingu. Do tego stylowanie CSSem, więcej akcelerowanych przez GPU czynności, lepsze wykorzystanie wielowątkowych procesorów, więcej funkcjonalności (np wbudowany WebKit, dekodery MP3 i filmów), aktywnie rozwijana przez Oracle, itd