Co do VAT - zależy, kto będzie Twoim głównym klientem oraz na jaką skalę chcesz działać - czy na razie to ma być "firemka na boku", czy ma ruszyć pełną parą. Na początku możesz sobie VAT odpuścić - to wszystko zależy od tego, co i na jaką skalę chcesz robić (nie twierdzę, że w Twoim przypadku to się opłaci).
W temacie podatku liniowego - też niekoniecznie musi się to opłacać. Jak wyżej - zależy od skali prowadzonej działalności. Przy niższych kwotach możesz skorzystać z pewnych ulg podatkowych, których nie masz w liniówce.
Pamiętaj, że możesz skorzystać z "niskiego ZUS". O ile pamiętam, to musisz o tym pomyśleć już na samym początku, bo jak się już zgłosisz do ubezpieczenia na "zwykłych" warunkach to szansa jest stracona.
Co do optymalizacji - ciężko powiedzieć, co ten kolega miał na myśli, kiedy mówił o "podpięciu się pod inną firmę". Co do zasady, JDG jest bytem niezależnym, posiada swój własny i unikalny NIP oraz REGON, więc nie znając szczegółów ciężko coś powiedzieć. Może jakąś spółkę założyli, naprawdę - nie wiem. W każdym razie zasada jest prosta. Masz koszty i przychody. Jeśli kasujesz więcej, niż wydajesz, to masz zarobek, od którego płacisz podatek. Jeśli chcesz ten podatek zmniejszyć, to albo kasujesz mniej, albo zwiększasz wydatki ;)
W zakresie nabijania kosztów - czyli chociażby wspomnianego przez Ciebie leasingu na auto i laptopa - zastanów się, co chesz osiągnąć. W zależności od potrzeb możesz skorzystać z różnych form finansowania - pożyczka leasingowa, kredyt, leasing operacyjny, leasing finansowy. Każda z w/w się inaczej rozlicza. W niektórych przypadkach masz jednorazowe wrzucenie w koszty, w innych księgujesz w oparciu o faktury leasingowe, albo o wystawiane przez leasingodawcę noty obciążeniowe/uznaniowe. Do tego dochodzi kwestia (ważne w przypadku samochodu) własności pojazdu - jeśli leasing to raczej towarzystwo leasingowe jest właścicielem, więc do czasu spłaty nic z autem nie zrobisz. W przypadku pożyczki/kredyty bank może być wbity w dowód jako współwłaściciel, ale może też się udać bez tego. Dla Ciebie najwygodniejszą (ale niekoniecznie najtańszą) opcją jest brak jakichkolwiek adnotacji, bo wtedy w razie WU możesz auto łatwo sprzedać, jest mniej formalności przy usuwaniu szkód, nie trzeba przejestrowywać po zakończeniu leasingu itp.
Jeszcze w temacie leasingu - zwróć uwagę na ubezpieczenie GAP. Jest to gwarancja zachowania wartości pojazdu w wysokości początkowej. Przykładowo - kupujesz auto za 80 tysięcy, bierzesz leasing na 4 lata, a po 2 Ci auto kradną/ulega zniszczeniu. Do spłaty pozostało Ci 40 tysięcy, ale ubezpieczenie ocenia, że w chwili zdarzenia samochód nie był wart już 80, ale np. 50. W efekcie wypłacają Ci 50 tysięcy, z czego 40 oddajesz do leasingu, a zostaje Ci 10. Podsumowując - wpłaciłeś 40, jeździłeś autem przez 2 lata. a po wypłacie odszkodowania nie masz auta, a jedynie 10kpln. Trochę słabo, co? ;) Dlatego co miesiąc dopłacasz kilkanaście/kilkadziesiąt złotych do leasingu, ale masz gwarancję, że w razie wypłaty odszkodowania dostaniesz cenę pierwotną samochodu, bez rekalkulacji (oczywiście to wszystko opisałem w uproszczeniu, ale z grubsza sens oddałem ;) )
Jeśli nie masz ogarniętej i sumiennej księgowej to daj znać, mogę pewną osobę polecić :) To samo się dotyczy prawnika, oboje z Twoich okolic.