Moją aplikację https://github.com/JonkiPro/REST-Web-Services generuję do pliku JAR za pomocą modułu https://github.com/JonkiPro/REST-Web-Services/tree/master/app. Tak wygenerowany plik JAR aplikacji uruchamiam z konsoli za pomocą komendy

java -jar app.jar

aplikacja w konsoli poprawnie się kompiluje i uruchamia. W aplikacji korzystam z WEBJARS, bo używam np. bootstrap czy jquery. Więc wchodzę na przykładowy adres strony do logowania i w źródło strony, a tam okazuje się, że adresy do plików WEBJARS

<script type="text/javascript" src="/webjars/jquery/3.2.1/jquery.min.js"></script>
 <script type="text/javascript" src="/webjars/jquery-validation/1.17.0/jquery.validate.min.js"></script>

zastąpione są

<script type="text/javascript" src="??jquery.js_pl_PL??"></script>
<script type="text/javascript" src="??jquery_validation.js_pl_PL??"></script>

W szablonach adresy do skryptów umieszczone są za pomocą SpEL https://github.com/JonkiPro/REST-Web-Services/blob/master/web/src/main/resources/templates/signIn.html#L57 z pliku https://github.com/JonkiPro/REST-Web-Services/blob/master/web/src/main/resources/static/linkToCssAndJs.properties.

Wspomnę, że aplikacją skompilowana i uruchomiona bezpośrednio z IntelliJ działa bez problemu.