Konfiguracja Spring Data podczas gdy mam już konfigurację sesji dla Hibernate

Używałem w programie tylko SessionFactory z Hibernate, więc miałem konfigurację

<bean id="dataSource"
          class="org.springframework.jdbc.datasource.DriverManagerDataSource">
        <property name="driverClassName" value="${database.driver}"/>
        <property name="url" value="${database.url}"/>
        <property name="username" value="${database.username}"/>
        <property name="password" value="${database.password}"/>
    </bean>

    <bean id="sessionFactory"
          class="org.springframework.orm.hibernate5.LocalSessionFactoryBean">
        <property name="dataSource" ref="dataSource" />
        <property name="hibernateProperties">
            <props>
                <prop key="hibernate.show_sql">true</prop>
                <prop key="hibernate.dialect">org.hibernate.dialect.MySQL5Dialect</prop>
                <prop key="hibernate.hbm2ddl.auto">update</prop>
                <prop key="hibernate.enable_lazy_load_no_trans">true</prop>
            </props>
        </property>
        <property name="annotatedClasses">
            <list>
                <value>com.jonki.Entity.User</value>
                <value>com.jonki.Entity.Message</value>
            </list>
        </property>
    </bean>

    <bean id="transactionManager"
          class="org.springframework.orm.hibernate5.HibernateTransactionManager">
        <property name="sessionFactory" ref="sessionFactory" />
    </bean>

teraz potrzebuje stworzyć sobie kilka prostych metod z repozytorium Spring Data

public interface UserRepository extends JpaRepository<User, Long>

więcej dodałem do konfiguracji co nieco i teraz wygląda ona tak

<bean id="dataSource"
          class="org.springframework.jdbc.datasource.DriverManagerDataSource">
        <property name="driverClassName" value="${database.driver}"/>
        <property name="url" value="${database.url}"/>
        <property name="username" value="${database.username}"/>
        <property name="password" value="${database.password}"/>
    </bean>

    <bean id="sessionFactory"
          class="org.springframework.orm.hibernate5.LocalSessionFactoryBean">
        <property name="dataSource" ref="dataSource" />
        <property name="hibernateProperties">
            <props>
                <prop key="hibernate.show_sql">true</prop>
                <prop key="hibernate.dialect">org.hibernate.dialect.MySQL5Dialect</prop>
                <prop key="hibernate.hbm2ddl.auto">update</prop>
                <prop key="hibernate.enable_lazy_load_no_trans">true</prop>
            </props>
        </property>
        <property name="annotatedClasses">
            <list>
                <value>com.jonki.Entity.User</value>
                <value>com.jonki.Entity.Message</value>
            </list>
        </property>
    </bean>

    <bean id="transactionManager"
          class="org.springframework.orm.hibernate5.HibernateTransactionManager">
        <property name="sessionFactory" ref="sessionFactory" />
    </bean>

<bean id="hibernateJpaVendorAdapter" 
    class="org.springframework.orm.jpa.vendor.HibernateJpaVendorAdapter"/>

  <!-- Configure the entity manager factory bean -->
  <bean id="entityManagerFactory" 
    class="org.springframework.orm.jpa.LocalContainerEntityManagerFactoryBean">
    <property name="dataSource" ref="dataSource"/>
    <property name="jpaVendorAdapter" ref="hibernateJpaVendorAdapter"/>
    <!-- Set JPA properties -->
    <property name="jpaProperties">
      <props>
           <prop key="hibernate.dialect">org.hibernate.dialect.MySQL5Dialect</prop>
           <prop key="hibernate.hbm2ddl.auto">update</prop>
      </props>
    </property>
    <!-- Set base package of your entities -->
    <property name="packagesToScan" value="com.jonki"/>
  </bean>

a mimo to podczas używania metody z 'UserRepository' wywala mi wyjątek

NullPointerException

Ło bosze zamień najpierw XML na JavaConfig :D

Pro tip -> Jak robisz coś z tutorialem, to sprawdź, czy nie ma nowszej wersji frameworka, a jeśli jest to pisz zgodnie z nowszym standardem.
~
Co do problemu to wydaje mi się, że powinieneś wynieść

<property name="packagesToScan" value="com.jonki" />

na zewnątrz tagów. bean, bo to wygląda jak @EntityScan, a potrzebujesz @ComponentScan albo najlepiej @EnableJpaRepositories
Ale nie jestem pewny bo czasy konfiguracji xml mnie raczej ominęły :)

Tutaj jest działająca konfiguracja do Spring Data JPA:
https://github.com/asciborek/Eshop/blob/master/src/main/java/pl/asciborek/eshop/config/JpaConfig.java