Używałem maven onejar (aby dependencies były zapakowane) i jar aby wskazać main.
<build>
<plugins>
<plugin>
<groupId>org.dstovall</groupId>
<artifactId>onejar-maven-plugin</artifactId>
<version>1.4.4</version>
<executions>
<execution>
<goals>
<goal>one-jar</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
<version>2.6</version>
<configuration>
<archive>
<manifest>
<addClasspath>true</addClasspath>
<mainClass>pl.margor.simplejmsconsumer.main.Main</mainClass>
</manifest>
</archive>
</configuration>
</plugin>
</plugins>
</build>
<pluginRepositories>
<pluginRepository>
<id>onejar-maven-plugin.googlecode.com</id>
<a href="http://onejar-maven-plugin.googlecode.com/svn/mavenrepo">http://onejar-maven-plugin.googlecode.com/svn/mavenrepo</a>
</pluginRepository>
</pluginRepositories>