Backend w NodeJS czy inny? (skoro wychodzisz od frontendu i nie wspominasz o innym języku, w zasadzie o żadnym nie wspominasz, ale można się domyślać, że jak frontend to JavaScript)
Musisz umieć debugować - również po to, żeby nie zawracać gitary seniorom. Proponuję zapoznać się z debugerem, który oferuje Twoje ulubione IDE, czyli jakieś od JetBrains.
Skrypty Node można też debugować w Chrome.
node --debug-brk --inspect NAZWA_PLIKU.js, i niepotrzebne IDE do tego celu. Wystarczy chrome. Wchodzisz na about:inspect i możesz debugować w dev toolsach, tak samo jak to robiłeś z frontem (nie trzeba sie uczyć nowego narzędzia).
No i kwestia gustu, ale ja tam i tak najczęściej debuguję JS za pomocą console.log XD (chyba, że chodzi o optymalizację, wtedy profiler z Dev Toolsów się przydaje).
(np. na froncie dobra praktyka jest stylowanie w konsoli Google chrome, albo na przykład narzędzia typu webpack).
Mieszasz rzeczy. Webpack to nie jest dobra praktyka, prędzej zło konieczne.
Stylowanie w konsoli chrome (masz na myśli pewnie coś takiego: https://stackoverflow.com/questions/7505623/colors-in-javascript-console ? ) może być fajną metodą debugowania (jest jeszcze np. console.table czy inne), ale też nie jest to żadna stricte dobra praktyka, raczej taktyka, która niektórym pomaga.
Dobre praktyki to bardziej to, co za tym stoi (np. za narzędziami typu Webpack itp. stoi filozofia, że build projektu powinien być zautomatyzowany, i to można nazwać dobrą praktyką, a nie to, że się korzysta z Webpacka, skoro za parę miesięcy będzie modne co innego). Sprawne debugowanie to też dobra praktyka, ale sposobów na debugowanie jest wiele. Wiele osób np. gardzi console.log i to ich prawo.