Obydwa kierunki brzmią górnolotnie, ale nie nastawiałbym się na karierę w Polsce. Ja akurat jestem "stress engineer" po budownictwie i zaczynałem od symulacji FEA, ale przerzuciłem się na "komercyjne" programowanie w mainstreamowych technologiach, zamiast np. FORTRANA czy CUDA. Generalnie dla matematyka "stosowanego" modelowanie zagadnień fizycznych to bułka z masłem, polega to głównie na rozwiązywaniu PDE. Żeby przeskoczyć z tym do przemysłu trzeba być naprawdę wybitnym (jako konsultant z PhD albo wyżej). Niektórym się udaje to połączyć http://www.logg.org/anders/ ale większość znajomych naukowców programuje niejako "hobbystycznie" - nikt im za to nigdy nie zapłaci, a przynajmniej nie tyle co na rynku. Jedynie nieliczni są to w stanie "komercjalizować", bo mały zespół nie zrobi konkurencji Autodeskowi czy Dassault.
Na Twoim miejscu kierowałbym się w stronę szeroko pojętej medycyny i biotechnologii. Tematów na całe życie (w końcu kto nie da pieniędzy na badania nad rakiem) a lekarze i inni chemicy zazwyczaj osobę posługującą się Matlabem traktują jak drugiego Alexandrescu, więc bariera wejścia nie jest wcale tak duża jak się wydaje. Można zainteresować się HPC, klastrami itp. historiami. Ale podkreślam, że to dość ryzykowne w porównaniu z normalną ścieżką kariery w Javie czy C#.