Równie dobrze można robić osobne repozytorium do każdego pliku. Czyli jeśli projekt ma 50 plików - robisz 50 repozytoriów. Jeśli 1000 plików - robisz 1000 repozytoriów.
Tylko po co?
Zastanów się, co będzie z synchronizacją wszystkich zmian. Robisz jakiś ficzer, który rusza 5 mikroserwisów, więc robisz 5 commitów? A potem 5 razy push? A jak będziesz chciał cofnąć zmiany? Będziesz musiał przeszukiwać 5 osobnych repozytoriów? Wszystko będzie rozsynchronizowane.
A może zamiast osobnego repozytorium zastosować bardziej lean podejście, a mianowicie po prostu założyć osobny katalog dla każdego mikroserwisu? Wtedy wszystkie zmiany są pod ręką (a git to potężne narzędzie, więc można w razie potrzeby np. wyłowić commity dotyczące tylko tego danego katalogu, jak się wpisze odpowiednią komendę z odpowiednimi parametrami. Więc pracowanie na jednym repo nie musi oznaczać, że wszystko będzie pomieszane, bo niby trochę jest, ale jednak nie do końca).