Ja korzystam z MongoDB już od kilku lat w kilku projektach (zarówno ASP MVC jak i WCF) i nigdy nie miałem żadnych większych problemów z jej obsługą. Sterownik od C# jest dojrzały, masz wsparcie dla LinQ, więc wszystko odbywa się łatwo i bezproblemowo. Wpięcie bazy NoSQL pod EF mija się z celem - bazy NoSQL nie potrzebują mapowania relacji w taki sposób jak klasyczne bazy SQLowe.
Ostatnio zacząłem bawić się RavenDB (hobbistycznie, nie używałem jeszcze na produkcji) i wygląda całkiem obiecująco. Wydaje mi się jednak, że póki co jest dużo mniej dojrzałym produktem wobec MongoDB (dokumentacja, szybkość działania, wsparcie społeczności). Jeśli zależy Ci na stabilności i szybkości działania to Mongo będzie lepszym wyborem.
Większą trudnością jest przejście na projektowanie modeli bazodanowych w nurcie NoSQL. Musisz pożegnać się ze standardowa normalizacją danych i relacjami. Dodatkowo MongoDB nie wspiera transakcji - są tylko operacje atomowe w ramach jednego dokumentu co wymaga uwzględnienia tego faktu juz na etapie projektowania bazy. Potem dochodzi problem wyboru pomiędzy zagnieżdżonymi kolekcjami vs relacja przez ObjectID. Nie jest to temat bardzo skomplikowany, ale zauważyłem że sporo osób ma problem z przestawieniem się z myślenia relacyjnego,