No to zaprojektuj strukturę tabel (relacje) w diagramie ERD, chociażby dlatego, żeby łatwiej Ci było potem to oprogramować.
Jeśli chodzi o resztę... Skonfiguruj sobie LAMP (Linux+Apache+MySQL+PHP) - są na necie opisy jak to zrobić w różnych dystrybucjach Linuksa. Następnie napisz sobie skrypt tworzący tabelę - może ci pomóc phpMyAdmin w wygenerowaniu kodu tworzącego tabele, albo klep zapytania ręcznie. Poczytaj sobie o funkcjach mysql_fetch_array, mysql_query itp. Sklep internetowy przydałoby się zabezpieczyć przed atakami sql inject, korzystając chociażby z funkcji http://php.net/manual/pl/function.mysql-real-escape-string.php
Poczytaj sobie o składni poleceń SQL: CREATE, SELECT, INSERT, DELETE
Poczytaj sobie też o tablicach $_SESSION, $_GET, $_POST w PHP. Przydadzą Ci się do odczytywania danych z linków - żebyś mógł napisać skrypt, który na podstawie odpowiednich parametrów pokazuje użytkownikowi odpowiednią stronę (kategorię/produkt) w sklepie.
W tablicy GET znajdują się parametry przekazane w adresie url,
Jak masz np. link: http://phpbb3.pl/viewforum.php?f=2&sid=db0954517a7ec843c1e0ab5c51795553
to skrypt viewforum.php odczytuje parametry nazwane f i sid z tablicy $_GET, np.
$f=$_GET["f"];$sid=$_GET["sid"];
i na podstawie tego wie które dane wyciągnąć z bazy danych i pokazać użytkownikowi.