Najprostszym sposobem jest chyba użycie sqlcmd. Jeżeli masz dużo skryptów możesz ich wywołania umieścić w pliku .bat a później po prostu go uruchomić. Innym sposobem jest użycie funkcji OPENROWSET(). Poniżej przykładowy kod (nie testowałem go):
-- Execute_Script_From_File.sql
/*
Load a script from a text file and execute it.
Runs in SQL Server 2005
*/
declare @FileName varchar(255)
declare @SQLLoad nvarchar(max)
-- Set the file to load SQL Script from
set @FileName = 'C:\MyDir\MyScriptFile.sql'
-- Create command to load and execute the file
set @SQLLoad =
N'declare @cmd varchar(max);
select @cmd = fd.col1
from openrowset(bulk ' + QUOTENAME(@FileName, '''') + ', SINGLE_CLOB) as FD(col1);
exec (@cmd)'
-- Load file data and execute
exec (@SQLLoad)