Ale coś źle tam masz. Masz:
Folder nadrzędny - nazwa repozytorium, np 'cwiczenia' -> C:\costamalboinie\cwiczenia
W nim masz folder .git - ten olewasz, on sie sam soba zajmie. Zresztą domyslnie jest ukryty, nie bez powodu. -> C:\costamalboinie\cwiczenia.git
Podfolder z językiem1 np C# -> C:\costamalboinie\cwiczenia\C#
Podfolder z językiem2 np Java -> C:\costamalboinie\cwiczenia\Java
bedac w konsoli w cwiczenia robisz push (tak, po commicie i add itd) i wszystko powinno grac. Jak masz puste foldery - to ich nie usunie lokalnie, ale nie zpushuje. Kolega wyżej napisał że trzeba dodać do nich jakiś plik. Zwykle dodajesz .gitkeep, wtedy każdy wie po co on istnieje.
Zamiast 'costamalboinie' mozesz miec 'git' tylko zostaw '.git' w spokoju.
A i jeszcze plik .gitignore by się przydał, bo zwykle trzyma się w repo kod, a nie zbudowana aplikacje. Więc się te wszystkie "niepotrzebne" rzeczy ignoruje. I to zależy od języka co ignorujesz.