Kup jakiś najtańszy moduł do arduino do obsługi eternetu np ENC28J60 i tyle.
Obsługwać dane hookując port szergowy to wyższa szkoła jazdy ale pewnie są gdzies na necie source, poza tym nie wiem czy COM nie działa na przerwania IN a nie INT , jak na przerwaniach IN to musiałbyś mieć uprawnienia Ring (kernela) a nie Roota który jest warstwe wyżej.
Na pewno łatwiej jest napisać oprogramowanie pod arduino które zamiast wysyłać dane do komputera przez COM-a, a już ma w swojej pamięci je zapisane ty tylko wysłał byś je przez ethernet na dysk na którym masz apache. Nie zwracaj uwagi na monitor interfejsu COM, bo to co do niego trafia już jest w pamięci mikrokontrolera Ty wysyłaj przez ethernet, jakiś moduł Wi-fi
Po prostu wyciągasz dane z PINów które Cię interesują przecież jak masz płytke stykową to możesz sobie z konkretnego PINu czytać out-put
a następnie przekazać to przez Wi-Fi prosty pakiet TCP to załatwi
Na kompie uruchamiasz np serwer apache z obsługa php skrypt PHP wczytuje zawartość tego pakietu np przez fsockopen
Bo to co wyślesz z arduino przez Ethernet automatycznie z warstywy fizycznej dla twojego PC staje się warstwa aplikacji z perspektywy serwera apache, bo system to sam obrobi a tak to sam bys musiał obsłużyć port COM dużo zachodu.
a dane które przyjmie socket PHP możesz dowolnie obrobić przetwarzając na JS jak Ci się tylko podoba i nie potrzebna Ci jest żadna Java choć można to zrobić na wiele sposobów